על מנת לשפר את הסיווג של ואריאנטים ללא משמעות מובחנת (VUS) במערכות תיקון DNA לא תואם (DNA mismatch repair - MMR) בגנטיקה של תסמונת לינץ', קבוצת חוקרים רב לאומית ממספר מכונים גנטיים עולמיים פיתחה ערכה המודדת פעילות MMR על DNA במבחנה ללא תאים (CIMRA).

במאמר פורץ דרך שיצא בכתב העת Genetics in Medicine של Nature החוקרים מתארים את הכיול והאימות של ערכת המדידה, המאפשר שילוב שלה עם נתונים קליניים.

החוקרים השתמשו בשני סטים שסווגו בעבר כוריאנטים מסוג MLH1 ו-MSH2 מתוך מאגר גנטי של MMR, הפעילות הביוכימית שלהם נקבעה על ידי. CIMRA Assay המערך כויל על ידי ניתוח רגרסיה ואחריו ניתוח ביאסני סימטרי Bayesian ואינטגרציה עם תחזיות silico של פתוגניות. האימות והכיול בוצעו ועברו הדירה בארבעה מעבדות שונות.

Assay CIMRA לבדו סיווגו כראוי 65% של וריאנטים, עם רק 3% סיווג שאינו תואם. שילוב של ניתוח ביסיאני עם תחזיות סיליקו של פתוגניות, הגדיל את חלקם של גרסאות מסווגות נכון ל-87%, מבלי לשנות את שיעור ההפרעה. תוצאות interlaboratory הראו שהתוצאות עברו רפליקציה בין מעבדתית בהתאמה גבוהה.

Assay CIMRA מנבא במדויק גרסאות גנים פתוגניים וממאירים של וריאטנים גנטיים של MMR. שילוב כמותי של תוצאות assay עם ניתוח נתונים קליניים מסווג נכונה את רוב הווריאציות. באמצעות כיול זה, תוצאות CIMRA assay יכולות לספק אלגוריתם אבחון עבור וריאנטים של גן MMR.

מקור:

Mark Drost, Yvonne Tiersma, Bryony A. Thompson, Jane H. Frederiksen, Guido Keijzers, Dylan Glubb, Scott Kathe, Jan Osinga, Helga Westers, Lisa Pappas, Kenneth M. Boucher, Siska Molenkamp, José B. Zonneveld, Christi J. van Asperen, David E. Goldgar, Susan S. Wallace, Rolf H. Sijmons, Amanda B. Spurdle, Lene J. Rasmussen, Marc S. Greenblatt, Niels de Wind, Sean V. Tavtigian. A functional assay–based procedure to classify mismatch repair gene variants in Lynch syndrome. Genetics in Medicine, 2018; DOI: 10.1038/s41436-018-0372-2

נושאים קשורים:  תסמונת לינץ',  סרטן מעי גס,  ניטור,  CIMRA assay,  DNA Mismatch Repair,  מחקרים